En la actualidad, los distintos nodos del CEGEN disponen de las más modernas tecnologías para llevar a cabo estudios de genotipación a gran escala. Las diferentes tecnologías utilizan distintas aproximaciones que posibilitan un elevado grado de 'multiplex' (posibilidad de explorar distintas variantes sobre una misma muestra) con el fin de minimizar el gasto de ADN y de hacer más asequible el precio final.

Las diferentes tecnologías de genotipado disponibles son: