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1) Tarifas Servicios de genotipado |
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El coste final por genotipo generado en las plataformas del CEGEN varía según la magnitud y el diseño del proyecto global a realizar y deberá calcularse en cada caso concreto. Factores como el nº de SNPs y nº de muestras a genotipar, o la flexibilidad en la selección de marcadores, entre otros, determinan la tecnología idónea para cada proyecto y por tanto el coste final del genotipado.
En las siguientes tablas detallamos ejemplos de tarifas públicas para proyectos tipo
(última actualización Febrero 2009)
Si desea un presupuesto para un proyecto de genotipado concreto, o bien está interesado en un servicio de genotipado que no aparece en los ejemplos, por favor contacte con el equipo de coordinación del CEGEN ( coordinacion.cegen@upf.edu)
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1.1 ) Ejemplo de proyectos de Genotipado basados en SNPs elegidos por el usuario |
| Nº SNPs |
Nº muestras |
Nº Genotipos |
Tecnología |
Nº pools*/arrays |
Coste (€) Global proyecto |
Coste/genotipo (€) |
1 |
360 |
360 |
Taqman |
1 |
455,03 |
1,26 |
1 |
360 |
360 |
Kaspar |
1 |
272,44 |
0,76 |
3 |
950 |
2.850 |
Taqman |
3 |
1.858,83 |
0,65 |
3 |
950 |
2.850 |
Kaspar |
3 |
1.199,94 |
0,42 |
4 |
700 |
2.800 |
HME Sequenom |
1 |
1.265 |
0,45 |
6 |
1.500 |
9.000 |
HME Sequenom |
1 |
2.609,06 |
0,29 |
24 |
1.200 |
28.800 |
Iplex Sequenom |
1 |
4.047,37 |
0,14 |
72 |
720 |
51.840 |
Iplex Sequenom |
3 |
7.719,03 |
0,15 |
96 |
900 |
86.400 |
SNPlex |
2 |
10.897,20 |
0,13 |
240 |
1.200 |
288.000 |
SNPlex |
5 |
34.210,12 |
0,12 |
768 |
900 |
691.200 |
Illumina Golden Gate |
1 |
51.423,25 |
0,07 |
1536 |
2.937 |
4.511.232 |
Illumina Golden Gate |
1 |
173.334,91 |
0,04 |
* Nº pools = nº de reacciones distintas que recogen el total de los SNPs a genotipar
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| 1.2) Ejemplo de proyectos de Genotipado basados en paneles de SNPs prediseñados |
| Array |
Tecnología |
Nº SNPs por Array |
Nº muestras |
Coste (€) global proyecto |
Coste/muestra (€) |
Linkage mapping ratón (Alta densidad) |
Illumina Golden Gate |
1.449 |
45 |
consultar |
consultar |
MHC panel (Alta densidad) |
Illumina Golden Gate |
2.360 |
45 |
consultar |
consultar |
Cancer Panel |
Illumina Golden Gate |
1.421 |
45 |
consultar |
consultar |
Metilation Panel |
Illumina Golden Gate |
1.536 CpG |
90 |
consultar |
consultar |
Human Linkage mapping |
Illumina Infinium |
6.056 |
45 |
3.719,57 |
82,66 |
Infinium Metilation Panel 27 |
Illumina Infinium |
27.578 |
90 |
19.466,35 |
216,29 |
Inmune & Inflamatory 9K SNP Kit |
GeneChip Affymetrix |
9.000 |
44 |
10.697,78 |
243,13 |
Bovine mapping 10K SNP Kit |
GeneChip Affymetrix |
10.000 |
44 |
10.697,78 |
243,13 |
Mouse Mapping 5K SNP Kit |
GeneChip Affymetrix |
5.000 |
44 |
8.070,30 |
183,42 |
Rat panel 1 5K SNP Kit |
GeneChip Affymetrix |
5.000 |
44 |
8.070,30 |
183,42 |
*Coste/muestra calculado sobre nº muestras óptimo segun aferta arrays comercial (Illumina múltiplos de 45 muestras (min 45); Affymetrix múltiplos de 22 muestras)
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1.3) Ejemplo de proyectos de Whole Genome Scan (Illumina/Affymetrix)
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Array |
Tecnología |
Nº SNPs por Array |
ejemplo de Nº muestras |
Coste (€) global proyecto |
Coste/muestra (€) |
BeadChip Human 610Quad |
Illumina Infinium |
610 K |
96 |
27.659,64 |
288,12 |
BeadChip Human 660WQuad |
Illumina Infinium |
660 K |
96 |
32.596,46 |
339,55 |
BeadChip Human 1M |
Illumina Infinium |
1.049 K |
96 |
51.169,02 |
533,01 |
GeneChip Human SNP Array 5.0 |
Affymetrix |
550 K |
84 |
26.985,83 |
321,26 |
GeneChip Human SNP Array 6.0 |
Affymetrix |
906,6 K |
84 |
39.836,80 |
474,25 |
* Coste/muestra calculado sobre nº muestras óptimo segun aferta arrays comercial (Illumina múltiplos de 8 muestras; Affymetrix múltiplos de 28 muestras)
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2 )Tarifas Servicios Complementarios |
Ligado a los servicios de genotipado, el CEGEN ofrece los servicios de extracción, cuantificación y amplificación de muestras de ADN. Las tarifas se detallan por coste/muestra o coste/placa según la aplicación.
Servicio |
Tecnología |
Tarifa 1 (Instituciones públicas)
|
Tarifa 2 (Instituciones privadas)
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Extracción ADN volúmenes grandes
6-7 ml sangre total |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
11,91 €/muestra |
12,51 €/ muestra |
Extracción ADN volúmenes grandes
4-5 ml sangre totall |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN®
|
8,96 €/ muestra |
9,41 €/ muestra |
Extracción ADN volúmenes intermedios
200ul-1ml sangre total |
Magna Pure LC (Roche) |
7,9 €/ muestra |
8,30 €/ muestra |
Extracción ADN volúmenes grandes
1 ml sangre total (ATTN!! min. 250 muestras) |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
1.275 €/250 m. (5,10€/muestra) |
1.338,75 €/250 m. (5,35€/muestra) |
Extracción ADN volúmenes grandes
2 ml sangre total (ATTN!! min. 250 muestras) |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
1.412,5 €/250 m. (5,65€/muestra) |
1.483,12 €/250 m. (5,93€/muestra) |
Extracción ADN volúmenes grandes
3 ml sangre total (ATTN!! min. 250 muestras) |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
1.875 €/250 m. (7,5€/muestra) |
1.968,75 €/250 m. (7,87€/muestra) |
Extracción ADN volúmenes pequeños
350ul sangre total |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
2,40 €/ muestra |
2,52 €/ muestra |
Extracción ADN volúmenes pequeños
200ul sangre total |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
1,90 €/ muestra |
2,00 €/ muestra |
Extracción ADN volúmenes pequeños
100ul sangre total |
Chemagic Magnetic Separador Module1, CHEMAGEN® |
1,70 € muestra |
1,80 € muestra |
Extracción ADN volúmenes pequeños
(a partir de 100 ul sangre) |
NucleoMag 96 Blood (Macherey-Nagel) |
3,90 € muestra |
4,10 € muestra |
Extracción ADN volúmenes pequeños
(a partir de 200 ul sangre) |
NucleoMag 96 Blood (Macherey-Nagel) |
5,90 € muestra |
6,20 € muestra |
Servicio |
Tecnología
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Tarifa 1 (Instituciones públicas)
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Tarifa 2 (Instituciones privadas)
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Whole Genome Amplification
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GenomiPhi (Amersham Biosciences) |
327,90 € placa (90 muestras) |
344,30 € placa (90 muestras) |
Whole Genome Amplification High Yield
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GenomiPhi High Yield (Amersham Biosciences) |
1.190,80 € placa (90 muestras) |
1.250,34 € placa (90 muestras) |
Whole Genome Amplification High Yield
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Reply-G midi (Qiagen) |
2.950,80 € placa (88 muestras) |
3.688,50 € placa (88 muestras) |
Servicio |
Tecnología
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Tarifa 1 (Instituciones públicas)
|
Tarifa 2 (Instituciones privadas)
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Cuantificación por Picogreen
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PicoGreen, Molecular Probes |
42,68 € placa (90 muestras) |
44,81€ placa (90 muestras) |
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